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碱性染料厂家注释道，作为染料须具有两个前提：一是具有色采，二是与被染放置有亲和力，即染料须具有发色基团与助色基团。其中发色基团能使染料闪现色采，而助色基团则使染料与被染放置间发生亲和力，它们配合抉择了染料的染色性质。
酸性或碱性染料的界定并不是由染料溶液的pH抉择，而是由染料中的助色基团在水中电离后所带的电荷抉择的，即碱性染料的pH没需要定除夜于7。
一般来讲，助色基团带正电荷（阳离子）的染料为碱性染料，反之则为酸性染料。例如,染料化合物中由硝基(-NO2)、偶氮基（-N=N-）、乙烯基等组成了发色基团；而由-OH、-SO3H、-COOH等酸性基团及-NH2、-NHCH3、-N(CH3)2等碱性基团组成了助色基团。它们的存在使染料物质离子化，极性增强，促进染料与被染放置间发生浸染，发生染色浸染。
碱性染料一般不溶于水和酒精。一般能电离出无色的阴离子（助色基团）和有色的阳离子（发色基团），如龙胆紫、亚甲基蓝、美蓝等。有色的阳离子，能够与细胞中的带负电荷部门平稳地连络。例如，细胞核中的染色质（体）内含有脱氧核糖核酸，属酸性物质，可电离出H+，而使自己带负电荷，所以它能与碱性染料电离出的有色阳离子，经由电荷间的引力浸染平稳地连络，然后被染上色采。
酸性染料一般能溶于水和酒精。一般能电离出一些无色的阳离子（助色基团）和有色的阴离子（发色基团），如伊红、苦味酸等。有色的阴离子，能够与细胞中带正电荷的部门平稳地连络。细胞质中某些物质常带正电荷，所以可与酸性染料中的有色阴离子平稳地连络而被染上色采。
生物染料的染色浸染还与溶液pH的变换有关。例如，卵白质含有氨基和羧基，在酸性溶液中，当溶液的pH小于该卵白质的等电点时，则卵白质带正电荷，易被酸性染料染色；在碱性溶液中，当溶液的pH除夜于该卵白质的等电点时，则卵白质带负电荷，等闲被碱性染料染色。
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